2017-03-22

Zróżnicowanie genetyczne populacji wirusa czarnej pierścieniowej plamistości pomidora (Tomato black ring virus, TBRV)

Wirus czarnej pierścieniowej plamistości pomidora  (Tomato black ring virus, TBRV) należy do rodzaju Nepovirus i poraża szeroki zakres roślin gospodarczo-ważnych, w tym: pomidora,  tytoń, cukinię, a także rośliny ozdobne, drzewa i krzewy (Fig.1 A-D).

Fot. 1. Rośliny porażone przez TBRV

A - deformacja liści i mozaiki na robinii akacjowej (Robinia pseudoacacia),
B - mozaika na liściach cukinii, na owocach widoczny pierścień (Cucurbita pepo),
C -chlorotyczne pierścienie na liściach tytoniu (Nicotiana tabacum cv. Xanti),
D- nekrozy na liściach pomidora (Solanum lycopersocum)

Genom TBRV zbudowany jest z dwóch jednoniciowych cząsteczek RNA o dodatniej polarności (+ssRNA). W trakcie badań nad TBRV otrzymano sekwencję genu kodującego białko płaszcza (ang. coat protein, CP) dla 22 izolatów TBRV pozyskanych z różnych gatunków roślin. Uzyskane sekwencje zostały porównane z innymi zdeponowanymi w Banku Genów w celu określenia relacji filogenetycznych między izolatami z różnych regionów Europy (Polska, Litwa, Anglia, Węgry). Przeprowadzone analizy wykazały wysoki stopień  zróżnicowania genetycznego populacji TBRV zarówno na terenie naszego kraju,jak  i w innych krajach europejskich, a podobieństwo sekwencji genu CP wyniosło 91,5% - 99,7% (Fig. 2). W obrębie polskiej populacji TBRV zaobserwowano dużą dywersyfikację, zarówno wśród izolatów pochodzących z roślin jednorocznych, jak i wieloletnich. Podobieństwo sekwencji widoczne było jedynie dla izolatów z aksamitki (TBRV-AY, TBRV-AG) , cukinii (TBRV-K5, TBRV-K8, TBRV-CK), a także pomidora (TBRV-P1, TBRV-Pi1) Pozostałe izolaty pochodzące z tych samych gospodarzy nie wykazały pokrewieństwa genetycznego. W populacji TBRV zidentyfikowano również potencjalne rekombinanty.

Fig. 1. Analiza relacji filogenetycznych między polskimi izolatami TBRV oraz innymi, których sekwencje pobrano z Banku Genów.